Словарь Российской империи утверждает, что «на месте города Новохоперска еще в начале XVIII в. шумел густой лес. Однако есть и другая версия, более романтическая. В середине XVII в. на берег Хопра (от устья вверх по течению) приходили казаки из беглых русских крестьян и ставили небольшие городки. Самым верхним стал Пристанский городок, находившийся на месте современного Новохоперска.
Пристанский городок упоминается с 1660-х гг. Здесь сложилась своеобразная граница области Войска Донского с коренными российскими землями. В 1670 — 1671 гг. казаки Пристанского городка приняли участие в восстании Степана Разина. Весной 1708 г. Пристанский городок стал одним из центров восстания Кондратия Булавина, а после его подавления Петр I приказал уничтожить городок, а также два соседних — Беляевский и Григорьевский.
На месте Пристанского городка в 1710 г. (дальше обе версии сливаются) была заложена земляная Хоперская крепость, сооружение которой закончилось в 1716 г. Первыми поселенцами были ссыльные преступники, затем — выходцы из Малороссии, образовавшие слободу Кочерга (Самодуровка) после их выселения при устройстве крепости. Похоже, что «преступники» и есть те самые казаки.
Во время русско-турецкой войны 1768 — 1774 гг. у Хоперской крепости строились корабли, использовавшиеся в Азовском и Черном морях. Тогда же в связи с перестройкой крепост появляется новое название — Новая Хоперская крепость (оно эпизодически упоминалось и раньше). В 1779 г. за поселением официально утвердилось название — Новохоперск, и он был назначен уездным городом Тамбовского наместничества, с 1782 г.— Саратовского, а в 1802 г. вошел в состав Воронежской губернии.
По сведениям 1865 г. в городе числилось немногим более 6000 человек, в 1989 г.— 8000.
В 1895 г. неподалеку от города прошла железная дорога Лиски — Поворино — Балашов. Возникла железнодорожная станция Новохоперск, возле Которой появился поселок. Ныне это поселок городского типа, не объединенный с городом, являющийся самостоятельным населенным пунктом.
В годы гражданской войны под Новохоперском происходили жестокие бои. Город был разрушен и обезлюдел. Восстановление шло медленно, а конкуренция соседнего Борисоглебска становилась более острой. Во всяком случае к началу 1950-х гг. в городе были построены предприятия по переработке продукции сельского хозяйства округи: два маслозавода, инкубаторно-птицеводческая станция. Здесь были средняя, семилетняя, начальная школы, сельскохозяйственное училище, медицинская школа, Дом культуры, кинотеатр, библиотека.
Позднее в Новохоперске построили ремонтно-механический завод, деревообрабатывающий комбинат, завод строительных материалов, мебельную фабрику.
На территории района расположен Хоперский заповедник (основан в 1935 г.). Он оказался благоприятным для разведения выхухоли и бобра, дающих прекрасный по качеству мех. В 1938 г. привезли сюда с Дальнего Востока пятнистых оленей. С 1955 г. началась акклиматизация зубров.
В 1943 г. в Новохоперске формировалась Первая чехословацкая бригада, командиром которой был Людвик Свобода, впоследствии президент Чехословакии. В Новохоперске бережно хранят память о боевом содружестве братских народов в борьбе с фашистской чумой. Здесь создан музей содружества двух народов.
Главным занятием жителей Новохоперска XIX в. было хлебопашество (этим занимались даже купцы), ныне это промышленный город, не утративший, однако, связи с землей, в садах, укрывающих небольшие домики на крутом берегу реки.
Герб Новохоперска
В лазуревом щите с зубчатым верхним краем серебряный круг с червлеными цифрами 1/10 и зеленым кленовым листом, обрамленные черным сегментом шестерни и золотыми колосьями. На червленой волнистой оконечности щита, окаймленной серебром, положенные накрест золотые шашки, покрытые золотой же буденовкой.
Утвержден исполнительным комитетом городского Совета в 1972 г.
Автор герба Михаил Федорович Трубников.