Флаг Белгорода утверждён городскими депутатами в конце июля 1999 года. Флагом стало полотнище из синей и белой полос. В верхнем углу флага помещен городской герб - орёл, парящий надо львом.
На флаге воспроизводится сюжет герба города, который в свою очередь впервые появился на знаменах белгородских полков 1712 года. Как полагают историки, композиция иллюстрирует победу России в русско-шведской войне: орел символизирует русскую армию, преследующую льва - символ шведского короля. По другой версии символика герба менее политизирована, и является аллегорией отваги, так как более слабый орел обращает в бегство сильного зверя - льва (на первых изображениях герба лев изображался не стоящим, как ныне, а именно бегущим). Похожая композиция содержалась в книге "Символы и эмблемата", вероятно, что именно она и стала прообразом эмблемы белгородских полков.