Флаг города Юбилейного был разработан вскоре после создания городского герба и использует основные элементы этого герба. Автор флага - К.Ф.Моченов, художник - Р.И.Маланичев. Прообраз флага, герб, был разработан И.С.Сметанниковым.
Флаг города Юбилейного утвержден решением №1 Совета депутатов города 28 января 1999 года. Официальное описание флага:
"Флаг города Юбилейного представляет собой прямоугольное двустороннее многоцветное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, разделенное на три части: в первой к древку в 1/4 ширины красной с мурованным жёлтым ключом, сопровождаемым вверху и внизу жёлтыми звездами о пяти разны концах; во второй части жёлтого цвета в 1/2 ширины флага сова натурального цвета; третья часть - зеленая, с косым пламевидным краем, вверху отходящим от угла полотнища, внизу - с шириной в 1/4 ширины флага".
Флаг внесен в государственный геральдический регистр под №428.