Описание флага города Рыбинска (а точнее Рыбинского муниципального округа) утверждено решением Рыбинского Совета депутатов №92 от 17 июля 2001 года. Решение подписал Председатель Рыбинского Совета депутатов В.В.Пахарев. Согласно Положению о флаге (Приложение 1 к Решению №92):
"1.3. Флаг Рыбинского муниципального округа Ярославской области представляет собой прямоугольное червленное полотнище с отношением ширины к длине 2:3. Полотнище в масштабе 1:3 по горизонтали разделено поясом лазоревого цвета, символизирующим реку, над которым - зеленый берег с золотой пристанью, из-за которой выходит черный восстающий медведь, держащий в левой лапе на левом плече золотую секиру; золотые двойные мостки простираются поверх пояса; ниже мостков пояс обременен двумя сообращенными белыми стерлядями".
Официальное описание флага (Приложение 3 к Решению №92):
"Флаг Рыбинского муниципального округа Ярославской области представляет собой прямоугольное червленное полотнище с отношением ширины к длине 2:3. Полотнище в масштабе 1:3 по горизонтали разделено поясом лазоревого цвета, символизирующим реку, над которым - зеленый берег с золотой пристанью, из-за которой выходит черный восстающий медведь, держащий в левой лапе на левом плече золотую секиру; золотые двойные мостки простираются поверх пояса; ниже мостков пояс обременен двумя сообращенными белыми стерлядями. Габаритная ширина элементов герба на флаге Рыбинского муниципального округа должна составлять 2/5 части длины полотнища флага".
2 августа 2001 года флаг города Рыбинска был несколько изменён. Новая версия флага - жёлтое полотнище с гербом в центре - впервые поднята 4 августа 2001 года.