Флаг города установлен Думой Угличского муниципального округа Решением №72 31 марта 1999 года "Об установлении герба и муниципального флага города Углича и Угличского муниципального округа". Решение подписали Глава Угличского муниципального округа Э.М. Шереметьева и Председатель Думы Угличского муниципального округа Н.А. Павлов. В тексте Решения, в частности, говорится:
"2. Установить в качестве официальной символики муниципальный флаг города Углича и Угличского муниципального округа в виде прямоугольного полотнища с изображением царевича Димитрия с ножом в правой руке (положение о муниципальном флаге города Углича и Угличского муниципального округа – приложение 3, графическое изображение муниципального флага города Углича и Угличского муниципального округа – приложение 4)".
Этим же Решением №72 принято Положение о флаге города и округа. Cогласно главе 2 Положения:
"2. Флаг города Углича и Угличского муниципального округа представляет собой прямоугольное полотнище с соотношениями сторон А:В= 3:2. По центру полотнища проходит полоса алого цвета ( цвет поля щита герба города) с размером 3\5 узкой стороны флага. В правой части полосы вырезан условный треугольник золотистого цвета с основанием в ширину полосы и прямым углом в вершине.
С обеих сторон от центральной полосы идут полосы золотистого цвета с пропорциями 1\5 узкой стороны флага.
В средней части полосы между вершиной треугольника и основанием флага находится изображение царевича Димитрия.
Изображение святого царевича Димитрия на флаге города Углича и Угличского муниципального округа Ярославской области аналогично изображению царевича на гербе города Углича и Угличского муниципального округа".